在这里,我们评估了来自健康供体(HDs)或骨关节炎(OA)患者的联合腹膜后脂肪垫(IPFP)和滑膜组织的生物样本。通过使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核RNA测序(snRNA-seq)方法,我们在IPFP和滑膜组织中鉴定了间充质和髓系细胞亚群,并描述了OA中的病理变化。通过整合先前报道的人类关节软骨的scRNA-seq数据集,我们进行了计算机模拟分析,以预测关节内的细胞-细胞相互作用。转录组数据、计算机模拟信号预测以及小鼠胶原酶诱导的关节炎模型表明,载脂蛋白E(APOE)在OA引起的软骨退变中起着关键作用。我们的结果生成了健康和OA条件下人类IPFP和滑膜的细胞图谱,并揭示了未来OA治疗研究的一个潜在靶点。