NGS遗传报告如何解读？2025 ACMG变异分类标准详解

下一代测序（NGS）技术在21世纪初问世，能够在时间和成本效益较高的情况下同时对数千到数百万个DNA和RNA碱基对进行测序，最终改变了遗传研究和临床基因组学的范式。这项迅速发展的技术能够对数十到数百个感兴趣的基因进行大规模并行分析，包括全外显子组测序（WES）、临床外显子组测序（CES）和全基因组测序（WGS）。它已迅速成为单基因和寡基因疾病（如肥厚型心肌病）临床遗传研究的标准。所有NGS平台都会生成大量的测序读段，并需要计算方法来处理这些数据。目前，医学遗传学的主要挑战是使用强大的生物信息学工具来分析这些数据，并建立可重复的协议以将结果应用于临床实践。为了标准化和简化这一过程，美国医学遗传学和基因组学学院（ACMG）为在孟德尔疾病中识别的任何序列变异提供了解释类别：“致病性”（P，第V类）、“可能致病性”（LP，第IV类）、“意义不明”（VUS，第III类）、“可能良性”（LB，第II类）和“良性”（B，第I类）（Richards等，2008）。自2015年以来（Richards等，2015），一系列指南已经发展起来，用于分类序列变异，并对主要心肌病的致病基因进行了具体规定和适应（Gelb等，2018；Kelly等，2018；Morales等，2020；Walsh等，2021）。基于NGS的测序文件每名患者包含数百到数千个遗传变异。为了避免对结果的误解，“可能良性”（LB，第II类）和“良性”（B，第I类）变异通常不报告给患者和医疗保健提供者，报告中会声明“未发现具有临床意义的结果”（Deans等，2022）。只有被分类为“致病性”（P，第V类）、“可能致病性”（LP，第IV类）或“意义不明”（VUS，第III类）的罕见变异才会出现在最终的遗传报告中（Deans等，2022）。然而，这些变异出现在最终报告中可能会产生误导。值得注意的是，只有当患者携带与临床请求一致的“致病性”（P，第V类）或“可能致病性”（LP，第IV类）变异时，才能被认为是基因型阳性（Gen+）。包含一个或多个意义不明的变异（VUS，第III类）的报告仍被视为基因型阴性（Gen−）。第III类变异（VUS）不应用于临床决策或诊断级联家族筛查，也不能用于产前诊断。