如何解析线粒体核仁组成？TFAM-FLAGBAC小鼠模型蛋白质组学研究

线粒体DNA（mtDNA）被压缩成称为线粒体核仁（mt-核仁）的动态结构，线粒体转录因子A（TFAM）是其核心包装蛋白。为了研究体内mt-核仁的组成，我们生成了表达FLAG标记的TFAM蛋白的细菌人工染色体（BAC）转基因小鼠（Tfam-FLAGBAC小鼠）。重要的是，我们证明了TFAM-FLAG蛋白具有功能，并在纯合子Tfam敲除小鼠中补充了野生型TFAM蛋白的缺失。我们从不同小鼠组织中进行了免疫沉淀实验，并通过蛋白质组学分析鉴定了12种核心mt-核仁成分。其中，8种蛋白对应于mtDNA复制和转录因子，而另外4种则参与线粒体核糖体的组装。此外，我们利用Tfam-FLAGBAC小鼠鉴定了10种可能在缺乏mtDNA和诱导LONP1蛋白酶的情况下稳定TFAM-FLAG的蛋白。最后，我们评估了非常高水平的TFAM对mt-核仁的影响，揭示了9种可能抵消高TFAM水平以维持活跃mtDNA转录的相互作用蛋白。总之，我们证明了Tfam-FLAGBAC小鼠是研究体内mt-核仁组成的宝贵工具。