非编码RNA（ncRNAs）和染色质重塑对胃癌（GC）的发病机制有重要影响。在表观遗传修饰中，DNA甲基化是最广泛研究的表观遗传变化[49]。如今，通过液体活检，包括血浆/血清和胃液，已经认识到异常DNA甲基化的重要性。外周血中肿瘤抑制基因的甲基化已被最广泛地研究。在体液中鉴定出的异常基因甲基化可能是早期检测胃癌的有用生物标志物，类似于结直肠癌（CRC）中的SEPT9。在循环肿瘤DNA（ctDNA）中检测到的多个甲基化基因启动子已被提议作为胃癌检测的潜在诊断标志物[50]。其中，Reprimo、RUNX3、RASSF1A、SFRP2、PCDH10、H19和MALAT1的异常甲基化显示出高敏感性和特异性，表明它们在胃癌的早期检测中具有优势[51-55]。最近的一项研究阐明了异常DNA甲基化与胃癌风险之间的关联。血液中SOCS3启动子的高甲基化广泛促进了胃癌的风险[56]。全基因组低甲基化通常发生在正常情况下高度甲基化的重复元件中，以维持基因组稳定性。长散布核苷酸元件1（LINE-1）、Alu重复元件和人类内源性逆转录病毒是分散重复序列的主要成分[57]。尽管许多研究探讨了DNA甲基化作为胃癌生物标志物的前景，但这些研究主要展示了组织中的甲基化水平。因此，应进一步研究新型异常甲基化基因在胃癌中的作用，特别是那些通过非侵入性方法检测到的基因。
当病原体侵入胃黏膜时，DNA甲基化是主要的表观遗传变化，这使得感染得以持续并促进胃癌的发展[58]。幽门螺杆菌（H. pylori）是胃癌最重要的病原体之一。先前的研究表明，Alu和Satα低甲基化与胃癌患者中的H. pylori感染显著相关[59]。尽管进行了大量研究以阐明H. pylori感染诱导的表观遗传变化机制，但用于胃癌早期检测的有效生物标志物尚未在临床中应用。最近的一项报告表明，FGFR4激活在响应H. pylori感染时通过类固醇受体共激活因子与信号转导和转录激活因子3相互作用，表明FGFR4可能是胃癌早期检测的候选生物标志物[60]。
从多组学数据中识别的新生物标志物
以往对胃癌的分类在推动亚型特异性治疗的应用方面取得了相当有限的成就，主要是由于胃癌的异质性和其无法检测潜在的分子靶标。借助下一代测序（NGS），组学技术为研究胃癌的分子基础提供了有益的工具。多项基于多组学的研究已用于评估胃癌患者的生物流体。
