首先,通过明确将现有的定位和共定位数据与相互作用联系起来,来验证当前的发现。例如,添加以下内容:“蛋白酶K保护试验表明Par3位于线粒体基质中……支持观察到的Par3–OGDH关联的线粒体背景(图1J–K,图2C)。”接下来,承认这一局限性:“本文报告的共免疫沉淀是从全细胞裂解物中进行的;限制于特定组分的和蛋白酶保护的线粒体共免疫沉淀将进一步将Par3–OGDH相互作用限定在基质中。”最后,修改实验解释以反映这种细致的观点:将“图2. Par3在 mitochondria 中直接结合OGDH”替换为“图2. Par3与OGDH相关联并共定位在线粒体中;限制于特定组分的试验将进一步定义结合的区室。”
潜在的下一步措施
为了直接证明Par3–OGDH相互作用发生的亚细胞区室,可以采用以下方法:
选项1
进行线粒体限制的蛋白酶保护共免疫沉淀。使用Beyotime试剂盒分离线粒体,应用蛋白酶K ± Triton X-100,用0.5% digitonin溶解,从线粒体组分中特异性免疫沉淀OGDH(或Par3)。包括胞质IP、shPARD3/shOGDH对照和IgG对照。这将提供直接证据,证明这种关联在蛋白酶保护的线粒体中得以维持,并不是由胞质池驱动的。
选项2
实施基质靶向邻近标记(例如,Par3-MTS–APEX2或TurboID),验证线粒体定位,进行生物素化、链霉亲和素富集和MS/西方检测OGDH。结合梯度纯化的线粒体和在细胞器内交联稳定的IP-MS进一步加强空间特异性。这将建立高空间分辨率和正交验证的基质定位Par3的邻近性和相互作用伙伴。