生物信息学通路分析：TCGA与ROR的综合研究

3.6 生物信息学通路分析 TCGA 结合 ROR 分析结果显示，前列腺癌（PRAD）表现出最高的 ROR 值（34.78 [16.18–72.58]），而胰腺癌（PAAD）和食管癌（ESCA）的 ROR 值较低（图 6A）。相关性分析确定了三个显著富集的通路：半胱氨酸/甲硫氨酸代谢（Spearman’s rho = 0.67, P = 0.015）、氨酰基-tRNA 生物合成（Spearman’s rho = 0.571, P = 0.045）和丙酮酸代谢（Spearman’s rho = 0.637, P = 0.022），这些通路均与肌病风险呈正相关（图 6B-D）。 对小鼠实验的转录组数据进行 GSEA 分析显示，所有铂类药物均下调了局灶粘附/PI3K/AKT/mTOR 信号通路（富集得分：顺铂 = -0.43 [调整 p = 0.006]；奥沙利铂 = -0.46 [调整 p < 0.001]；卡铂 = -0.37 [调整 p < 0.001]）。电子传递链和氧化磷酸化通路也被抑制（富集得分：顺铂 = -0.56 [调整 p = 0.235]；奥沙利铂 = -0.54 [调整 p = 0.103]；卡铂 = -0.59 [调整 p < 0.001]）。自噬通路在所有组中均被激活（富集得分：奥沙利铂 = 0.53 [调整 p = 0.177]；顺铂 = 0.54 [调整 p = 0.432]；卡铂 = 0.43 [调整 p = 0.199]）（图 6E-G）。奥沙利铂独特地上调了干扰素-β 反应（富集得分 = 0.82, 调整 p < 0.001）和缺氧反应（富集得分 = 0.57, 调整 p = 0.128）。顺铂调节了糖酵解（富集得分 = -0.61, 调整 p = 0.207）和 Elk3 介导的缺氧通路（富集得分 = -0.44, 调整 p = 0.236）。卡铂丰富了缺氧反应（富集得分 = 0.60, 调整 p = 0.0003）和 I 型干扰素产生（富集得分 = 0.38, 调整 p = 0.498）。顺铂改变了线粒体（Ndufa11）、细胞因子（Cxc112）和细胞外基质（Col6a2）基因的表达，同时下调了转录因子（Hoxd8/Peg3）。卡铂上调了自噬相关（Rnf216/Setd2/Sqstm1）和线粒体（Ndufa11）基因。奥沙利铂主要诱导了应激反应（Gng7/Irgm1/Psmb7）和免疫调节基因（图 6H-J）。